花多数，无花梗，在茎顶簇生呈头状，稀腋生作轮状；花萼筒膜质，长4-6毫米，一侧开裂呈佛焰苞状，先端截形或圆形，萼齿1-5个，甚小，锥形，长0.5-1毫米；花冠筒部黄白色，冠檐蓝紫色或深蓝色，内面有斑点，壶形，长2-2.2厘米，裂片卵状三角形，长2.5-3.5毫米，先端钝，全缘，褶偏斜，三角形，长1-1.5毫米，先端钝，边缘有不整齐细齿；雄蕊着生于冠筒中部，整齐，花丝线状钻形，长7-8毫米，花药狭矩圆形。长1.5-2.5毫米；子房无柄，狭椭圆形，长8-10毫米，先端渐尖，花柱线形，连柱头长2-2.5毫米，柱头2裂，裂片矩圆形。蒴果内藏，无柄，椭圆形，长18-20毫米；种子红褐色，有光泽，矩圆形，长1.2-1.5毫米，表面具细网纹。花果期6-10月。

播种方法：育苗一般选择在海拔较低（2000米以下）或温度较高的地区进行，如中国甘孜州泸定、丹巴、九龙等县干热河谷地区或者内地成都平原。育苗时间为9月中旬至10月上旬。采用开厢育苗，厢宽1.2米，厢沟深20厘米。厢面撒施优质有机肥2000千克，尿素10-15千克，过磷酸钙100千克或磷酸二铵15千克。播种前厢面用清水浇透。将处理后的种子均匀撒在厢面，盖1-2厘米细土，每亩用种量1-1.2千克。厢面搭小拱棚盖膜保温保湿。苗长到4-6片真叶时，揭膜炼苗。幼苗长到6片真叶时，喷施磷酸二氢钾50千克/亩两三次。育苗后第2年5月高原地区雨季来临时壮苗可移栽，弱苗生长一年后移栽。

青稞套作法：与青稞套种、利用青稞遮阴，减少一年土地占用时间。4月下旬至5月上旬，青稞生长到二叶一心期，用绿麦隆进行化学除草，施药7天后播种。于青稞行间进行窝播，挖浅窝，每窝播5-10粒，窝距20厘米左右，每亩约用饱满成熟种子0.5-0.8千克。播后不必覆土，经过松土的地块，种子经雨淋会自行进入土壤空穴。一般播种到种子出苗大约需要30天，至6月中下旬开始出苗。播种后直到青稞收割，一般不作管理，青稞成熟后进行人工收割，不可机收，收割后的田间杂草一般较少，在9月中旬清理一次杂草，用刀割去，搬离地块，以免杂草种子脱落，增加次年杂草量。第2年不再播种青稞，4月中旬杂草萌发初期，用50%乙草胺乳油或60%丁草胺乳油喷施一次除草。5月中旬用小尖锄间苗、补苗，并挖去多年生杂草，间苗时每窝留苗一两株，多余壮苗移栽至缺苗处，每亩株数5000棵左右。7月中下旬，杂草种子未成熟前人工除草一次，将田间杂草清理干净。以后每年管理主要是除草、施肥。每年松土除草三四次，切勿伤及茎叶，结合中耕除草进行追肥，以农家肥为主，每亩施人粪尿1500-2000千克。开花期间叶面喷施磷酸二氢钾0.3千克/亩，多次喷施。

一般净作法：不再与其他作物套作，主要以杂草共生遮阴，可以采取直播或育苗移栽。播种时间为4月中旬至5月下旬，按行距20-30厘米开沟条播，沟深3厘米。均匀撒入沟内，浅覆土。每亩用种量0.8-1千克。播种前7天喷农达或百草枯一次，杀死已存杂草。7月下旬秦艽幼苗长到两三对叶期，人工或割草机割草一次，不能手采，以免幼苗受伤。2龄期以上管理与青稞套作一样。

移栽前一天育苗地浇透水，起苗时注意不要伤害根系。起苗后尽快栽植，栽种时按行距30厘米、株距25厘米的规格挖窝移栽，窝深根据根长短而定，埋土至原根茎交接处即可，压实，使根充分与土壤接触，栽后浇透。每亩栽1万株左右。移栽后第1年不除草，第2年管理同种子直播管理。

采收：青稞套作或大田直播的粗茎秦艽生长4年后秋季采挖，育苗移栽第3年采挖。先割除地上枯萎的叶片、茎秆，再用大锄深挖地下根系，粗茎秦艽的根可深达地下30厘米处。然后除去泥土、清洗、晾晒，晒干即可。净作四年生粗茎秦艽每亩产干品150-200千克。

留种：与青稞套作或大田直播的粗茎秦艽在1-2年生长缓慢，生长3年开始开花结籽，第4年留种；育苗移栽的粗茎秦艽苗生长快速，第2年部分开花，现蕾时应分期分批剪除花蕾，促进根系生长，第3年大量开花时留种。留种时选择健壮、无病害的植株，于秋季9-10月种子变为褐色时采收，将有种子的茎秆从2对苞片下部4-5厘米处割除，割回置于阴凉通风处晾干，待种壳裂开时抖出种子，风选法吹去种壳，装入尼龙口袋中贮藏于干燥处。一株粗茎秦艽约采收种子5-6克，种子不能长期贮藏，2年以上的种子发芽率极低。

锈病：在高原地区粗茎秦艽易发生锈病，特别是在7-8月高原地区空气温度高，又遇连续降雨天气。发病初期，叶表皮上产生淡黄色小斑点；后期斑点逐渐由淡黄色变为黄褐色，隆起呈小脓疱状，表皮易破裂，向外翻，斑点聚集成圆形或椭圆形。发病初期，立即用2%戊唑醇或25%粉锈宁可湿性粉剂喷雾防治，7-10天一次，连续3次，效果明显。