花序柄腋生，长4-15厘米，三棱形。叶状佛焰苞长13-25厘米，为肉穗花序长的2-5倍或更长，稀近等长；肉穗花序圆柱状，长（2.5）4-6.5（8.5）厘米，粗4-7毫米，上部渐尖，直立或稍弯。花白色。成熟果序长7-8厘米，粗可达1厘米。幼果绿色，成熟时黄绿色或黄白色。花果期2-6月。

石菖蒲：根茎呈扁圆柱形或类圆柱形，多弯曲，常有分枝，长3-20厘米，直径0.4-1.4厘米，表面棕褐色或灰棕色，粗糙，有疏密不均匀的环节，节间长0.2-0.8厘米，具细纵皱纹；上面有略呈三角形的叶痕，左右交互排列，下面有圆点状根痕或残留须根；节部有时可见残留的毛鳞状叶基残留。质硬脆，断面纤维性，类白色或微红色，内皮层环纹明显，可见多数散列维管束小点及棕色油细胞。气芳香，味苦、微辛。

菖蒲：根茎呈扁圆柱形，少有分枝，较粗大，长5-15厘米，直径1-1.5厘米，表面类白色或淡棕色，有细纵纹，节较稀疏，节间长0.2-1.5厘米，上方有较大的类三角形叶痕，下方有多数凹陷的圆点状根痕，质硬，断面呈海绵状，白色或淡棕色，有多数小空洞和维管束小点，内皮层环明显。气较浓烈而特异，味苦、辛、性温。

石菖蒲粉未：灰棕色，气芳香，味苦，微辛。①淀粉粒较多，单粒球形，椭圆形或长卵形，直径2-9微米，有时可见脐点，层纹不明显；复粒较少，由2-15个分粒组成。②纤维和晶纤维多成束，常与导管相连。纤维长，直径11-20微米，末端渐尖，壁木化，厚2-6微米，壁薄者可见纹孔，有的胞腔内含淡棕色或红棕色物，纤维束周围的薄壁细胞内含草酸钙方晶。③草酸钙方晶呈多面体，类多角形，双锥形，直径4-16微米。④油细胞较多，分布于薄壁组织中，呈类圆形或长圆形，直径22-45微米，胞腔内充满黄绿色、橙红色或红色分泌物。⑤薄壁细胞类圆形或类长方形，直径22-58微米，壁连珠状增厚，有时可见数个纹孔集成的纹孔域。

菖蒲粉未：呈棕色，气芳香，味辛苦。①淀粉粒较多，单粒球形，椭圆形，长卵形或肾形，直径2-8微米，脐点少见，层纹不明显，复粒由2-6个分粒组成，常见多数单粒聚合成团。②纤维多成束，常与导管相连，呈梭形，直径9-20微米，木化或微木化壁厚2-5微米，壁薄者可见纹孔；晶纤维偶见。③油细胞较多分布于薄壁组织中，类圆形或长圆形，直径18-63微米，内含黄绿色或黄棕色分泌物。④薄壁细胞类圆形或长方形，有大型细胞间隙，壁连珠状增厚，有时可见纹孔域。

石菖蒲根茎横切面组织结构：表皮为一列类长方形细胞，外壁增厚，厚约3微米，有的含红棕色物。皮层宽广，约占横切面直径的1/2，皮层薄壁细胞圆形或椭圆形，直径20-106微米，有大的细胞间隙。皮层散有纤维束和叶迹维管束。叶迹维管束为有限外韧型，稀疏作环状分布，木化。内皮层细胞凯氏带明显。中柱散列多数维管束及少数纤维束，内皮层附近的中柱维管束主为周木型和有限外韧型，靠内皮层排列紧密，束鞘纤维发达，多连接成环状，薄壁组织中散有类圆形油细胞。皮层和中柱的薄壁细胞中含有淀粉粒。纤维束及束鞘纤维周围的薄壁细胞内含草酸钙方晶，形成晶纤维，叶迹维管束和中柱维管束周围可见明显的内皮层细胞。

菖蒲根茎横切面组织结构：表皮细胞径向类长方形，径向长25微米，外壁稍厚，厚约3微米，细胞内偶见红棕色物。皮层宽广，靠近皮层可见5-8个薄壁细胞作圈链状连接，中间形成较大通气组织，皮层散有纤维束及少数叶迹维管束，纤维束及束鞘纤维周围薄壁细胞不含草酸钙方晶。束鞘纤维不发达，多连结成环状。内皮层细胞凯氏带明显。中柱及少数散生维管束，为周木型或有限外韧型，环列，皮层和中柱均有多数分泌细胞，细胞内含红棕色或棕黄色分泌物。薄壁细胞中均含大量淀粉粒。