粒线体和细胞核的脱氧核糖核酸证据显示，Eudyptula和Spheniscus属约在2500万年前开始走上不同的进化道路，而白鳍企鹅和小蓝企鹅的祖先则约在270万年前开始分叉。根据IOC的分类结果，仍将白鳍企鹅作为小蓝企鹅的一个亚种。

小蓝企鹅一般会在黄昏时回到族群喂子，因为它们以小群聚集，可以提供一定的防御，避免掠食者逐一捕捉幼企鹅。

小蓝企鹅的天敌是在巢穴附近虎视眈眈的哺乳类动物:老鼠、短尾鼬、黄鼠狼；成年的小蓝企鹅尚须提防贼鸥及海上的猎食者。

野生的小蓝企鹅有时会被新西兰软毛海豹捕食。南澳大利亚研发中心的研究人员作出了相关的研究，发现接近百分之四十的南澳大利亚花岗岩岛海豹的排泄物中有小蓝企鹅肉的成份。

2015年7月，一项国际调查研究发现，洋流活动能够影响澳大利亚小蓝企鹅的生殖模式。确切地来说，为这一物种提供生活环境的海洋系统正在经历历史上最大规模之一的水温变化，这种水温上涨会严重影响小蓝企鹅的生态系统，以及其繁殖活性。

中文学名

学名

命名者年代

1

小蓝企鹅指名亚种

Eudyptula minor

Forster, 1781

2

小蓝企鹅白翅鳍脚亚种

Eudyptula minor albosignata

Finsch, 1874

3

小蓝企鹅查塔姆群岛亚种

Eudyptula minor chathamensis

Kinsky & Falla, 1976

4

小蓝企鹅黄斑亚种

Eudyptula minor iredalei

Mathews, 1911

5

小蓝企鹅澳洲亚种

Eudyptula minor novaehollandiae

Stephens, 1826

6

小蓝企鹅仙女亚种

Eudyptula minor undina

Gould, 1844

小蓝企鹅的数量截止到2015年稳定维持在一百万只左右。

小蓝企鹅保护中心（Oamaru Blue Penguin Colony） 坐落于新西兰南岛， 位于基督城与但尼丁之间。是个风光秀丽的海滨小镇，小蓝企鹅保护中心在海岸地带，周围是陡峭的悬崖，广阔的海面，十分壮观。可以在参观小蓝企鹅保护中心的时候，了解保护中心的历史，常年致力于保护企鹅的努力和成绩。夜幕观察企鹅的归巢过程，每天夜晚来临, 坐下来静静守候， 配有专业的导游讲解, 等待著海变出现大群的小蓝企鹅的出现。

澳大利亚一个叫Middle Island的小岛上，一只叫oddball 的牧羊犬守护着一群小蓝企鹅，但牧羊犬已经老去，购买和训练牧羊犬需要很大的经费，这个牧羊犬守护计划一直没有得到当地政府的资助，都是靠各种募捐来筹集支撑维持着。2015年9月，oddball拯救小蓝企鹅的故事被拍成了一部以它名字命名的电影并在澳洲上映，引发了大量关注，人们纷纷为这个计划筹款，用以购买新的牧羊犬保护小蓝企鹅。

小蓝企鹅Penny是2007年国际泳联总会（FINA）在维多利亚墨尔本主办的世界游泳锦标赛的吉祥物。